وب  سرور ویندوز  IIS و وب  سرور لینوکس  Apache می باشد.

سیستم عامل لینوکس open source می باشد و نیازی به خرید لایسنس ندارد به همین دلیل از ویندوز ارزانتر هسنتد.

برای استفاده و از cms های جوملا،مامبو،پی اچ پی نیوک،وردپرس باید از هاست لینوکسی استفاده نمود.

پر استفاده ترین کنترل پنل هاست های لینوکسی:

 سی پنل (Cpanel) ، دایرکت ادمین (DirectAdmin)

پر استفاده ترین کنترل پنل هاست های ویندوزی:

پلسک (Plesk) ، هلم (Helm) ،وب سایت  پنل (sitepanel ) و   های ادمین آریانیک(Aryanic HighAdmin )

هاست ویندوز  می تواند شامل امکانات زیر باشد :

asp classic

asp.net 1, 2, 3, 4

sql server

perl

php

mysql

...

هاست لینوکس  می تواند شامل امکانات زیر باشد:

php

mysql

perl

python

...

 ویندوز و لینوکس هر دو با صفحات HTML و JavaScript بدون هیچ مشکلی کار می‌کنند. در بسیاری موارد سرورهای لینوکس از پسوند فایل .html استفاده می‌کنند و سرورهای ویندوز از پسوند .htm ، اما هیچ تفاوت اساسی‌یی بین این فایل‌‌ها وجود ندارد .

دیتابیس

دیتابیس‌ها MySQL برای لینوکس و MSSQL برای ویندوزند. اما MySQL روی ویندوز نیز اجرا می‌شود. اگر قصد کار با دیتابیس‌های MSSQL را دارید هاست‌های ویندوز مناسب کار شماست .

آخرین اختلاف، حساسیت به حروف، است که در واقع بسیار مهم است .

در لینوکس نام فایل ها و دایرکتوری ها به بزرگی و کوچکی حروف حساس هستند.و اگر بازدید کننده به جای about.us در مرورگر About.Us را بزند با خطاب 404 مواجه می شود.