پس از چندی والی خراسان با چاره تدبیر درهم را اسیر کرد و به بغداد فرستاد، او مدتی در بغداد زندانی بود بعد آزاد گردید و به حدمت خلیفه در امد. درین زمان است که کار یعقوب نیز بالا می‌گیرد او به دفع خوارج می‌رود، یعقوب چون مردی با تدبیر و عیار بود تمام یارنش از وی چنان فرمابرداری میکردند که برون از تصور بود. یعقوب بعد ار ضبط سیستان رو به خراسان نهاد ولی چیزی نصیبش نشد. یعقوب مردی نبود که بزودی مضمحل شود، باز بار دیگر در سال ۲۵۳ رو به خراسان نهاد اما این بار بخت یار او بود شهرهای هرات و پوشنگ را بگرفت و از آنجا رو به کرمان نهاد و گماشته حاکم شیراز در کرمان را بگرفت. پس از آن رو به شیراز نهاد با حاکم فارس جنگیده و آن را نیز بدست آورد. یعقوب بعد از واقعه چند نفر از طرفداران خود را با پیشکش‌های گرانبها نزد خلیفه‌ای بغداد فرستاد و خود را مطیع خلیفه اعلان کرد.

یعقوب در سال ۲۵۷ باز به فارس لشکر کشید و خلیفه المعتمد به وی پیغام داد که ما ملک فارس را به تو نداده ایم که تو به آنجا لشکر کشی کنی. المؤفق برادر خلیفه که صاحب اختیار مملکت بود رسولی نزد یعقوب فرستاد .مبنی بر اینکه ولایت بلخ و تخارستان و سیستان مربوط به یعقوب است. یعقوب نیز بلخ را تصرف نموده متوجه کابل شد والی کابل را اسیر و شهر را تصرف نمود، پس از آن به هرات رفت و از آنجا به نیشاپور و محمد بن طاهر حاکم خراسان را با اتباعش اسیر و به سیستان فرستاد و از آنجا روانه طبرستان شد تا در آنجا با حسن بن زید علوی بجنگد. حسن درین جنگ شکست خورد فرار نمود و به سرزمین دیلمان رفت. یعقوب از ساری به آمل رفت و خراج یکساله را جمع کرد و روانه دیلمان شد، در راه در اثر باریدن باران تعداد زیادی از سپاهیانش کشته شده و خود مدت چهل روز سرگردان میگشت. یعقوب رسولی را نزد خلیفه فرستاد مبنی بر اینکه طبرستان را فتح کرده حسن را منزوی ساخته است به امید اینکه مورد نظر خلیفه واقع گردد، اما خلیفه حکمی را توسط حاجیان به خراسان فرستاد که چون وی از حکم ما تمرد کرد و به حکومت سیستان بسنده نکرد او را در همه جا لعن کنند.

کشمکش میان صفاریان و خلافت بغداد

محمد بن واصل تمیمی بر فارس مستولی شده بود. المتعمد عباسی فارس را به موسی بن بغا داد، موسی نیز عبدالرحمان بن مفلح را به جنگ محمد بن واصل فرستاد، عبدالرحمان شکست خورد و اسیذ شد. چون یعقوب در سیستان خبر بالا گرفتن کار ابن واصل را شنید طمع در ولایت فارس بست، در حالیکه محمد بن واصل در اهواز بود وی رو به فارس نهاد و فارس را تصرف کرد. در سال ۲۶۲ یعقوب از فارس رو به خوزستان نهاد. چون خبر به خلیفه المعتمد رسید فرمان حکومت خراسان، گرگان ، طبرستان و ری و فارس را در حضور حاجیان به شمول شرطگی بغداد به وی داد. اما یعقوب راضی نشد و به خلیفه پیغام داد که به چیزی راضی نیست جز رسیدن به بغداد. خلیفه برادرش الموفق را به جنگ با یعقوب فرستاد، یعقوب درین جنگ شکست خورد و فرار کرد، بسیاری از اموال یغقوب بدست سپاهیان بغداد افتاد، و به نام غنیمت به بغداد برده شدند. المؤفق به علت بیماری به بغداد بازگشت و یعقوب نیز در گندی‌شاپور به مریضی قولنج مبتلا گشت. خلیفه رسولی را با منشور ولایت فارس و استمالت نزد یعقوب فرستاد. یعقوب قدری نان خشک و پیاز و شمشیر را پیشروی خود نهاد و به رسول گفت: «به خلیفه بگو که من بیمارم و اگر بمیرم تو از من رها میشوی و من از تو، اگر ماندم این شمشیر میان ما داوری خواهد کرد، اگر من غالب شوم که به کام خود رسیده باشم و اگر مغلوب شوم این نان خشک و پیاز مرا بس است.» یعقوب در سال ۲۶۵ در گندی شاپور در اثر مرض قولنج در گذشت. یعقوب را مردی باخرد و استوار توصیف کرده اند. حسن بن زید علوی که یکی از دشمنانش بود او را نسبت استقامت و پایداریش سندان لقب داده بود.

امیران صفاری